コーヒーの健康への効果の研究はいろいろあります。これまでの研究を集めて、評価した研究が出ました。当然これまでと同様健康に有益であるという結果です。（図は原文より）
とりわけ肝臓に対する効果が非常に目立ちます。
総死亡率の低下や心血管系への良い効果も認めていますが下の方の図を見ると、ちょっと気になるデータがあります。
それはコレステロールや中性脂肪が増加するということです。
総コレステロールで7.34mg/dl（mmol/L）、LDLコレステロールで5.41mg/dl（0.14 mmol/L）、中性脂肪で12.39mg/dl（0.14 mmol/L）それぞれ増加を示しています。これはジテルペン（カフェストールとカフェルオール）というコーヒーに含まれる成分が、肝臓のコレステロール分解酵素の働きを阻害する作用によるからだと考えられています。
しかし、これはフィルターでろ過したり、デカフェではほとんど影響が無くなるようです。フィルターを使うとほとんどこのジテルペンが除去されるようです。コーヒーのかすの方にほとんど残ってしまうのです。コーヒーの入れ方や種類によってはジテルペンが多くコーヒーに含まれる場合があるようです。トルココーヒーやギリシャコーヒーではジテルペンが多いようです。また、高コレステロール血症を引き起こすのに必要なジテルペンの用量は、有益な抗発癌効果に必要な用量よりもはるかに高い可能性があることも研究によって示唆されているので、あまり気にしなくても良さそうです。
いずれにしてもコーヒーは健康に有益と考えて良さそうです。
「Coffee consumption and health: umbrella review of meta-analyses of multiple health outcomes」
「コーヒーの消費と健康：複数の健康成果のメタアナリシスの包括的レビュー」（原文はここ）
要約
目的：コーヒー消費と複数の健康成果との間の関連性に関する既存の証拠を評価する。
結果：コーヒー消費量は、低消費量よりも高消費量、1杯も飲まないよりも飲むこと、1日当たり余分な1杯の摂取の方が、健康への影響の害よりも有益に関連していることが多い。消費といくつかの結果の間に非線形の関連があり、総死亡率を含めて1日3〜4杯の摂取で相対リスクが最も減少していると概算した（相対リスク0.83）、心臓血管死亡率（0.81）、および心臓血管疾患（0.85）であった。高消費量対低消費量は、高消費量の方が発癌のリスクが18％低かった（0.82）。消費はまた、いくつかの特定の癌および神経学的状態、代謝性状態および肝臓状態のより低いリスクと関連していた。有害な関係は、喫煙の適切な調整によって大部分が無効にされた。妊娠では低出生体重（1.31）、妊娠第1期での早産（1.22）、第2期での早産（1.12）、妊娠喪失（1.46）であった。女性ではコーヒー飲用と骨折のリスクとの間に関連があったが、男性では関連はなかった。
結論：コーヒーの消費量は一般的な摂取量レベルでは一般的に安全と思われ、1日当たり3～4杯でさまざまな健康成果のリスクが最も低下し、健康に有益である可能性が高いと推定される。観察された関連性が因果関係であるかどうかを理解するには、強力な無作為化比較試験が必要である。妊娠と骨折リスクの高い女性は除外されるべきである。